DPS数据处理系统v16.05

完善的统计分析功能涵盖了几乎所有的统计分析内容,是目前国内统计分析功能最全软件包。但我们仍然期待着您的建议,不断地吸纳新的统计方法,使DPS系统的统计分析功能更加完善。

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更新日志

药物动力学房室模型统计分析

发布日期:2013-01-17

药物动力学参数非房室模型的矩估计及置信区间的估计;

独家提供两药剂混用毒力系数估计及其统计检验技术(该方法是到目前为止,两药剂混用的协同作用、相加作用或拮抗作用的统计学检验的唯一方法)。


两基因组序列在Poisson分布抽样情况下基因表达差异筛选方法

发布日期:2012-07-15

对每个基因进行p-value的计算。假设观测到基因A对应的reads数为x,已知在一个大文库中,每个基因的表达量只占所有基因表达量的一小部分,在这种情况下,p(x)的分布服从泊松分布。已知样本一中唯一比对到基因组的总reads数为N1,样本二中唯一比对到基因组的总reads数为N2,样本一中唯一比对到基因A的总reads数为x,样本二中唯一比对到基因A的总reads数为y,则基因A在两样本中表达量相等的概率可由以下公式计算:

其累计分布概率可以用于比价两个不同基因组差异显著性的检验(p值)。

对p值进一步用FDR错误控制法作多重假设检验校正。 FDR错误控制法是Benjamini于1995年提出一种方法,通过控制FDR(False Discovery Rate)来决定P值的域值. 假设你挑选了R个差异表达的基因,其中有S个是真正有差异表达的,另外有V个其实是没有差异表达的,是假阳性的。实践中希望错误比例Q=V/R平均而言不能超过某个预先设定的值(比如0.05),在统计学上,这也就等价于控制FDR不能超过5%.

对所有候选基因的p值进行从小到大排序,则若想控制fdr不能超过q,则只需找到最大的正整数i,使得 p(i)<=(i*q)/m.然后,挑选对应p(1),p(2),...,p(i)的基因做为差异表达基因,这样就能从统计学上保证fdr不超过q。因此,FDR的计算公式如下:

q-value(i)=p(i)*length(p)/rank(p)

在DPS下,该新增功能在菜单:试验统计-两样本比较-Poisson分布两样本比较 里面,其分析的数据格式如下:

主要参考文献:

Audic, S. and J. M. Claverie (1997). The significance of digital gene expression profiles. Genome Res 7(10): 986-95.


对均匀试验设计的用户界面和算法进行了改进

发布日期:2012-05-15

将几种类型均匀试验设计整合到一个用户界面之中,对混合水平均匀试验设计,各个因子数和水平数后,试验次数里面有系统自动计算其最小公倍数。如果点击“试验次数”下面对话框右边的三角形,系统自动安装最小公倍数的大小增加试验次数。

另外还根据用户的要求和建议,增加了产生随机数的种子的设置,使得在一定的种子数下,生成的均匀实验设计表相同。

改进后的用户界面如下:


时间序列数据奇异谱分析(Singular spectrum analysis, SSA)

发布日期:2012-05-15

许多用户来电来函,希望将时间序列数据奇异谱分解分析(SSA)加入到DPS里面。数据操作同其它时间序列统计方法,功能菜单在“时间序列”-“时间序列周期分析”-“奇异谱分析(SSA)”里面。实际上,SSA的数值算法在早些时候就已经实现,输出了一大堆数值计算结果。但在一般文献中,都是用图形方式表达分析的结果。因此我们在参考许多文献后,设计奇异谱分析的用户图形交互分析界面。根据图形的显示,用户可获得各种类型的图形结果。

上图右上部是用户参数设置区域:包括“窗宽数量”设置、作图数据类型、曲线是否平滑、序列是否相加。

如果更改窗宽数,系统将根据新的窗宽数重新计算一次,得到新的窗宽数目下的奇异谱分析结果。

窗宽数量下面的组合框有3个选项:时间经验正交函数、时间主成分和重构成分。选中某一选项后,下面的多选框里就会给出相应的多选组分供用户选择。用户可以在多选框中选中一个或多个组分,这时会在用户界面的下部立即生成相应一条或多条时间经验正交函数、时间主成分或重构序列曲线。

生成的曲线,可以通过下面的“曲线平滑”按钮是否对曲线进行3次样条函数插值、平滑。这是因为平滑后的曲线更为美观。

如果有几条曲线,尤其是重构曲线,可以通过点击“序列相加”按钮,将几条曲线的序列值进行相加,得到一条组合后的曲线。

在图的底部,有一个类似“标尺”按钮,左右移动以控制曲线标注的位置。如果不想显示标注,可将按钮移到最左边。

用鼠标击顶部的复制按钮aaa将其复制下来,可将下部的曲线图复制到内存,再粘贴到Word文档或其它应用程序里面。

退出图形界面,系统数据数值结果返回到电子工作表。输出结果包括特征值、时间经验正交函数(TEOF)、时间主成分(TPC)及重构主成分(RC)等详细结果,以及生成的各种曲线图,供用户进一步分析。


发布日期:2012-05-15

群落多样性指数计算,主要增加了采用Bootstrap方法计算多样性指数95%置信区间的功能: